研究所“近亲”困惑
　　然而，公司也存在一些亟待解决的问题。由于继承自研究院所，所以在有研硅股身上，我们同样可以看到一些与上市公司不太相称的因子。
　　首先，有研硅股也和其他科研院所类上市公司一样，存在着大量的关联交易。根据公司公告，2009年公司与大股东北京有色金属研究总院的关联交易总额达到4096.85万元，其中主要是支付房租、水电费和设备租赁费用，三项分别为882.58万元、2533.71万元和549.7万元，此外还分别支付综合服务费58万元、原材料采购费72.85万元。此前几年的情况也基本类似。
　　其次，人员和公司的独立性同样是有研硅股必须面对的问题。自上市以来，有研硅股多数高管同时在大股东北京有色金属研究总院任职，比如，前任公司董事长屠海令同时兼任北京有色金属研究总院院长，董事张少明同时担任北京有色金属研究总院书记；现任公司董事长周旗钢、董事熊柏青、黄松涛、李延利同时兼任北京有色金属研究总院副院长。从监事转为董事的马继儒则是北京有色金属研究总院总会计师等等。
　　而从研究院所到上市公司，公司的治理结构同样需要大力完善。2006年4月，公司完成股权分置改革工作，公司成立八年后，完成了从单一研究向产学研相结合的实体的转变。不过，2007年公司自查后的公告显示，公司仍然存在着诸如董事会专门委员会的职权行使力度有待深化和加强；经理议事机制需要进一步规范和细化；内部控制制度需要一定补充和完善并加强执行力度；治理创新措施执行不够到位；企业文化建设工作内容有待丰富，水平有待提高等5方面的问题。此后，公司公告称，这些问题已基本得到解决。

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